Gonadorelin ist sequenzidentisch mit endogenem humanem GnRH und wirkt als voller Agonist am GnRH-Rezeptor (GnRHR / GnRH-R1) auf hypophysären Gonadotrophen. Die pharmakologische Antwort ist frequenzabhängig: physiologische pulsatile Exposition stimuliert die LH/FSH-Sekretion, kontinuierliche Exposition führt zu Rezeptordesensibilisierung und -downregulation — die mechanistische Grundlage, auf der die synthetischen GnRH-Agonisten ihre therapeutische gonadale Suppression bei Prostatakarzinom und Endometriose erzielen.
GnRH ist der zentrale Regulator der hypothalamisch-hypophysär-gonadalen Achse. Endogen schütten hypothalamische GnRH-Neurone das Decapeptid in Pulsen in den hypophysären Portalkreislauf aus — physiologisch etwa alle 60–120 Minuten in der Follikelphase, wobei die Pulsfrequenz das LH:FSH-Verhältnis moduliert. Exogenes Gonadorelin reproduziert diese Physiologie, wenn es über eine pulsatile Pumpe (typisch 5–20 µg subkutan oder intravenös alle 90 Minuten) verabreicht wird, und stellt so ovulatorische Zyklen bei Frauen mit hypothalamischer Amenorrhoe wieder her und induziert eine Spermatogenese bei Männern mit hypogonadotropem Hypogonadismus. Die Plasmahalbwertszeit ist kurz — Verteilung 2–10 Minuten, terminale Eliminierung 10–40 Minuten — was die pulsatile Verabreichung erst sinnvoll macht. Im Gegensatz dazu erzeugt eine kontinuierliche Exposition (Depotanaloga oder ununterbrochene Infusion des nativen Peptids) zunächst einen LH-/FSH-Flare und desensibilisiert dann den GnRH-Rezeptor innerhalb von etwa 1–2 Wochen — diese Pharmakologie ist die Grundlage der therapeutischen Suppression durch die langwirksamen synthetischen Agonisten (Leuprolid, Goserelin, Triptorelin, Buserelin, Nafarelin) bei Prostatakarzinom, Endometriose und zentraler Pubertas praecox und ist therapeutisch genau gegensätzlich zur pulsatilen Anwendung von Gonadorelin selbst.